К концу XVI века количество насельников монастыря капуцинов значительно возросло, и возникла необходимость в достойном и вместительном кладбище для братии. Для этой цели была приспособлена крипта под монастырским храмом. В 1599 году здесь был погребён брат Сильвестро из Губбио, а затем сюда были перенесены останки нескольких ранее скончавшихся монахов. В дальнейшем помещение крипты стало тесным, и капуцины постепенно вырыли длинный коридор, в котором вплоть до 1871 года помещались тела умерших монахов.

Благотворители и жертвователи монастыря также выражали желание быть похороненными в Катакомбах. Для их захоронения были вырыты дополнительные коридоры и кубикулы. Вплоть до 1739 года разрешение на погребение в Катакомбах выдавали архиепископы Палермо или руководители ордена капуцинов, затем — настоятели монастыря. В XVIII-XIX веках Катакомбы капуцинов стали престижным кладбищем для духовных лиц, дворянских и буржуазных семей Палермо.

Катакомбы капуцинов были официально закрыты для погребений только в 1882 году. За три века на этом своеобразном кладбище было захоронено около 8 000 жителей Палермо — духовенства, монахов, мирян. После 1880 года по исключительным прошениям в Катакомбах были положены ещё несколько усопших, в том числе вице-консул США Джованни Патернити (1911) и двухлетняя Розалия Ломбардо, нетленные тела которых являются главными достопримечательностями катакомб.

Уже в XVII веке выяснилось, что особенность почв и атмосферы Катакомб капуцинов препятствуют разложению тел. Основным методом приготовления тел к размещению в Катакомбах стало высушивание их в специальных камерах (Collatio) в течение восьми месяцев. После этого срока мумифицированные останки омывали уксусом, облачали в лучшие одежды (иногда, согласно завещаниям, тела переодевали несколько раз в год) и помещали непосредственно в коридорах и кубикулах Катакомб. Часть тел помещалось в гробы, но в большинстве случаев тела вывешивали, выставляли или укладывали в открытом виде в нишах или на полках вдоль стен.

Во время эпидемий метод сохранения тел видоизменялся: останки умерших погружали в разбавленную известь или растворы, содержащие мышьяк, а после этой процедуры тела также выставлялись на обозрение. В 1837 году размещение тел в открытом виде было запрещено, но, по желанию завещателей или их родственников, запрет обходили: в гробах удаляли одну из стенок или оставляли «окошки», позволяющие видеть останки.

Самой известной частью Катакомб является часовня святой Розалии (до 1866 года была посвящена Богородице скорбей). В центре часовни в стеклянном гробу покоится тело двухлетней Розалии Ломбардо (умерла в 1920 году от воспаления легких). Отец Розалии, тяжело переживавший её смерть, обратился к известному бальзамировщику доктору Альфредо Салафии с просьбой сохранить тело дочери от тления. В результате успешного бальзамирования, секрет которого Салафия так и не раскрыл, тело сохранилось нетленным. Остались невредимыми не только мягкие ткани лица девочки, но и глазные яблоки, ресницы, волосы.

В настоящее время секрет состава был установлен итальянскими учеными. Согласно сведениям из найденного дневника Салафии, в состав входит формалин, спирт, глицерин, цинк и некоторые другие ингредиенты. Смесь подавалась под давлением через артерию и расходилась по кровеносным сосудам по телу. Проведённые в США исследования по бальзамированию с применением состава Салафии дали великолепные результаты. Захоронение Розалии Ломбардо стало последним в истории катакомб капуцинов в Палермо. С мумией девочки связан ряд таинственных историй. Тридцать пять лет назад здешний смотритель сошел с ума. По его словам, он видел, как девочка открывала глаза…

В кубикуле, примыкающей к часовне, находится ещё несколько идеально сохранившихся тел. В их числе тело молодого человека с огненно-рыжими волосами, нескольких священников, а также вице-консула США Джованни Патернити (умер в 1911 году), единственного захороненного в Катакомбах гражданина США.

Для удобства ориентировки залы разбиты на категории: мужчины, женщины, девственницы, дети, священники, монахи и «профессии». Коридор монахов представляет собой исторически самую древнюю часть Катакомб. Захоронения производились здесь с 1599 по 1871 годы. В правой от нынешнего входа части коридора (закрыта для посещения) помещены тела 40 наиболее почитаемых монахов и лиц, так или иначе связанных с религией.

Коридор мужчин образует одну из двух длинных сторон прямоугольника. Здесь в течение XVIII-XIX века помещались тела благотворителей и жертвователей монастыря из числа мужчин-мирян. В соответствии с завещаниями самих похороненных здесь или желания их родственников тела усопших облачены в разнообразные одежды — от грубого погребального савана наподобие монашеского одеяния до роскошных костюмов, сорочек, жабо и галстуков.

Кубикула детей расположена на пересечении Коридоров мужчин и священников. В небольшой комнатке в закрытых или открытых гробах, а также в нишах вдоль стен помещены останки нескольких десятков детей. В центральной нише помещена детское кресло-качалка, на которой сидит мальчик, держащий на руках свою младшую сестру.

Превратившиеся в скелеты останки составляют удивительный контраст с детскими костюмчиками и платьицами, любовно выбранными родителями, что отмечено Мопассаном в «Бродячей жизни»: «…Мы приходим в галерею, полную маленьких стеклянных гробиков: это дети. Едва окрепшие косточки не выдержали. И трудно разглядеть, что, собственно, лежит перед вами, настолько они изуродованы, расплющены и ужасны, эти жалкие детишки. Но слезы навертываются у вас на глаза, потому что матери одели их в маленькие платьица, которые они носили в последние дни своей жизни. И матери все еще приходят сюда поглядеть на них, на своих детей!»

Коридор женщин образует одну из меньших сторон прямоугольника. Вплоть до 1943 года вход в этот коридор был закрыт двумя деревянными решётками, а ниши с телами были защищены стеклом. В результате бомбардировки союзников в 1943 году одна из решёток и стеклянные преграды были разрушены, а останки значительно повреждены. Большинство помещённых здесь тел женщин лежат в отдельных горизонтальных нишах, и лишь несколько наиболее сохранившихся тел поставлены в вертикальных нишах.

. Тела женщин облачены в лучшие одежды по моде XVIII-XIX веков — шёлковые платья с кружевами и оборками, шляпки и чепцы. Шокирующее несоответствие между рассыпавшимися от времени останками и кричащими модными нарядами, в которые они облачены, подмечены Мопассаном: «Вот женщины, еще более уродливо комичные, чем мужчины, потому что их кокетливо принарядили. Пустые глазницы глядят на вас из-под кружевных, украшенных лентами чепцов, обрамляющих своей ослепительной белизной эти черные лица, жуткие, прогнившие, изъеденные тлением. Руки торчат из рукавов новых платьев, как корни срубленных деревьев, а чулки, облегающие кости ног, кажутся пустыми. Иногда на покойнике надеты одни лишь башмаки, огромные на его жалких, высохших ногах».

Небольшая кубикула, расположенная на пересечении Коридоров женщин и профессионалов, отведена для погребения девушек и незамужних женщин. Около десятка тел лежат и стоят у деревянного креста, над которым помещена надпись «Это те, которые не осквернились с женами, ибо они девственники; это те, которые следуют за Агнцем, куда бы он ни пошёл» (Отк.14:4). Головы девушек увенчаны металлическими венцами в знак девственной чистоты усопших. Новый коридор — самая новая часть Катакомб, использовавшаяся после запрета выставлять на обозрение тела усопших (1837). Вследствие этого запрета в коридоре нет стеновых ниш. Всё пространство коридора было постепенно (1837-1882) заполнено гробами. В результате бомбардировки 11 марта 1943 года и пожара 1966 года большая часть гробов была уничтожена. В настоящее время уцелевшие гробы помещены вдоль стен в несколько рядов, так что в центральной части коридора можно увидеть пол, украшенный майоликой. Помимо этого в Новом коридоре можно увидеть несколько «фамильных групп» — тела отца и матери семейства с их несколькими детьми-подростками выставлены вместе.

Супружеские пары:

Коридор профессионалов, идущий параллельно Коридору мужчин, составляет одну из двух длинных сторон прямоугольника. В этом коридоре помещены тела профессоров, юристов, художников, скульпторов, профессиональных военных. В числе захороненных здесь примечательны: Филиппо Пеннино — скульптор, Лоренцо Марабитти — скульптор, работавший, в том числе, в соборах Палермо и Монреале, Сальваторе Манцелла — хирург, Франческо Энеа (умер в 1848 году) — полковник, лежащий в великолепно сохранившейся военной форме армии Королевства Обеих Сицилий. Согласно местной легенде, принимаемой или отвергаемой различными исследователями, в Коридоре профессионалов покоится тело испанского живописца Диего Веласкеса.

Катакомбы капуцинов рассматривались жителями Палермо как кладбище, хоть и необычное. Поскольку в XVIII-XIX веках захоронение здесь было вопросом престижа, в Катакомбах покоятся предки многих нынешних жителей Палермо. Катакомбы регулярно посещаются потомками тех, чьи тела находятся здесь. Более того, после официального закрытия Катакомб для погребений (1882), у стен монастыря было устроено «обычное» кладбище, так что традиция захоронения «у капуцинов» сохраняется до сих пор.